氣候與環境汙染對珊瑚礁生態系統的影響
探討氣候變遷（海洋暖化、酸化、缺氧、海平面上升）與大氣污染物（如沙塵氣溶膠）對珊瑚礁生態的衝擊，包括生物棲地喪失、物種遷徙與珊瑚白化等連鎖效應，以及對沿海社區與漁業資源與全球糧食安全的長遠影響。研究將據此發展有效的珊瑚礁保育與管理策略。

海洋生態系多方法具時空維度之生物化監測研究
建立跨空間與時間尺度的海洋生態系監測系統，以自動化平台長期連續觀測從近岸至深海各水層的生物（如珊瑚、魚類）及環境（溫度、溶氧、pH 等）參數。透過垂直監測網絡串連不同時段資料，強化海洋生態變化的連續紀錄與多層次資訊整合。

近岸與開放海域碳及營養鹽之追蹤與比較研究
追蹤並比較近岸（魚塭、潟湖、河口等）與開放海域的碳循環與營養鹽變化，評估不同水體作為大氣 CO₂ 源或匯的角色，分析營養鹽濃度差異。利用現地監測數據釐清沿海與外海在碳收支和平衡上的差異，為氣候變遷下的海洋碳循環研究提供依據。

「福衛」遙測海中二氧化碳與葉綠素之基準校正演算開發
研發基於福爾摩沙衛星遙測的海洋二氧化碳與葉綠素濃度校正演算法，整合衛星觀測與海上量測資料，以建立海中 CO₂ 與葉綠素變化的三維監測能力。此項研究將提昇衛星遙測資料應用於海洋環境監控的準確度，深化對海洋碳循環與初級生產力時空變化的了解。

具海床與海層採樣之載具開發
研製可在海床及水柱中執行採樣任務的無人載具，具備水下機動和自動採樣能力。此載具將協助科學家從不同水層取得沉積物與水樣，突破深海環境中傳統採樣作業的限制。 AUV 機群海床探測技術開發 開發具攜帶便利、高可靠性且成本低廉的自主水下載具（AUV）機群協作技術，用於大範圍海床探測。透過多台 AUV 的協同運作，可提高海底地形與生態調查的覆蓋範圍與效率，促進海洋資源與環境的高效探測。

AUV 機群海床探測技術開發
開發具攜帶便利、高可靠性且成本低廉的自主水下載具（AUV）機群協作技術，用於大範圍海床探測。透過多台 AUV 的協同運作，可提高海底地形與生態調查的覆蓋範圍與效率，促進海洋資源與環境的高效探測。